1、对粉碎机机舱的清洗。粉碎机机舱也就是我们所说的“粉碎仓”，物品粉碎都在粉碎仓里来进行，所以是重点清洗的部位。粉碎仓与电机的主要固定部位在机舱内部的“刀头”部位。刀头上面由一个不锈钢螺丝固定，只要用扳手把这里的螺丝松开，把刀片拿下来，就可以把机舱和电机分离，分离的时候注意把链接线拔下来。粉碎仓的清洗工具涉及专用扳手、毛刷等。粉碎机都配有专用扳手，正好方便拆卸刀头时使用。请大家在中药粉碎机清洗的时候用清水清洗，不要用其它清洗剂，最多可使用洗洁精来进行清洗，洗完后要用干抹布擦干。
2、对研磨清洗的其他部分：主要对与螺旋盖和外部部件进行清洗粉碎机。这些地方都可以用来刷毛刷轻轻刷干净，必要时用水或清洁剂来清洁它。将产品喷水浸湿，然后倒入洗涤液，将洗涤液与水之间搅拌均匀，也就能均匀的布满产品的表面，这样，污垢也就在这个过程中慢慢的没有那么黏住中药粉碎机了。小型家用粉碎机可以将刷子浸湿，开始刷洗表面以及内部，这样的清洗会使得污垢在瞬间大部分的脱离该产品，无论是表面的还是内部的。这个过程完成之后，就拿清水冲洗粉碎机，避免已经脱落的污垢再次污染该产品，因为造成二度附着的现象是比较糟糕的。
还有一种方法是使用清洗机进行中药粉碎机清洗，将清洗机内注满水和洗涤剂，然后将需要清洁的中药粉碎机放入其中。之后清洗机就开始运作了，里面的水流会产生强大的流动力，这样使得粉碎机内部的污垢大量的脱落且由于水的快速流动而不易再次附着在上面，效果也是非常的理想。中药粉碎机之后用清水清理干净，再进行相关的干燥工作，以免水分遗留时间过长造成不必要的损失。
